湖南亚华种业科学研究院（以下简称“科学院”，暨湖南隆平高科种业科学研究院有限公司，注册资本1亿元人民币）是隆平高科全资主办的唯一专职研发机构，主要从事主要农作物新品种的选育和引进研究。在排名中国种业信用明星企业第一位的“隆平高科”倾心打造下，每年投入科研经费3000万元，“科学院”初步建立了工厂化育种体系，已经成为我国商业化育种的“先锋”。
在湖南、海南、四川、安徽、湖北、佳木斯等省，以及菲律宾、巴基斯坦等国家建立了高标准的科研育种基地2500亩。科学院坚持传统育种技术与现代分子生物技术的有机结合，在两用核不育系和两系杂交早稻研究方面一直居国内领先地位，率先育成了株两优819等5个早熟杂交早稻，填补了长江流域早熟杂交早稻空白；杂交中、晚稻品种育种迈进国内先进行列。至今，科学院主持或参与选育了176个品种通过省级以上审定；8个品种被认定为超级稻，其中3个被农业部认定为超级稻；4个品种被作为国家或省级区试对照品种。
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